Ông là một chính trị gia, giáo sư, tiến sĩ y khoa đã trải qua nhiều cương vị tại Bộ Y tế trước khi làm Cục trưởng Phòng chống HIV/AIDS.

Ông từng đảm nhiệm chức Thứ trưởng Y tế từ tháng 12/2011. Tháng 10/2018, ông được điều động làm Phó ban Tuyên giáo Trung ương và được bổ nhiệm trở lại làm Thứ trưởng Y tế từ tháng 1/2020. Ông hiện là Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khóa XIII, Bộ trưởng Bộ Y tế.

GS.TS Nguyễn Thanh Long – với vai trò là người đứng đầu ngành Y tế đã cùng Ban Cán sự Đảng Bộ Y tế tham mưu tích cực, chủ động các giải pháp về công tác phòng chống dịch COVID-19 với Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và Ban Chỉ đạo Quốc gia phòng chống dịch COVID-19.